Sixième abbaye issue de la branche de l'abbaye de Pontigny, l'abbaye Notre-Dame de Quincy est fondée en 1133 grâce à la donation des terres d'Arche par Hélie de Rougemont, Roger d'Ancy et Bernard Ambesas ; d'autres seigneurs contributeurs cèdent la moitié du finage de Comissey.
Le transfert de la communauté depuis Arche vers Quincy, alors simple unité d'explotation agricole mais plus favorable à l'implantation d'une abbaye en raison du passage du ru de Mélisey, semble intervenir entre la fin de l'année 1135 et le début de l'année 1138.
Sous l'impulsion des comtes de Champagne, d'Auxerre, de Nevers et de Tonnerre et des ducs de Bourgogne, l'abbaye dispose rapidement d'un temporel important et diversifié qui lui permet d'entretenir une communauté nombreuse, comme le démontre l'ampleur des bâtiments monastiques.
Tputefois l'abbaye connaît rapidement d'importantes difficultés. Dès la fin du XIIe s., ses biens font l'objet d'usurpations condamnées à de nombreuses reprises par le pape et ses légats (1199, 1234 et 1245). Au siècle suivant, elle est victime d'attaques et de pillages lors de la guerre de Cent Ans : en 1398, le Chapitre général de l'Ordre autorise les moines à aliéner les biens les plus endommagés, à charge des preneurs de les réhabiliter. Ces tentatives de réappropriation du patrimoine ne sont pas terminées que l'abbaye devient la proie des troupes protestantes qui, en 1562, l'incendient et en massacrent les moines.
De nombreux bâtiments sont rendus totalement inutilisables : devant l'ampleur des destructions l'église abbatiale ne sera jamais reconstruite. En 1640, les quelques bâtiments font faire l'objet d'importants travaux sous l'impulsion de l'abbé commandataire, Mathieu de Mesgrigny (reprise des toitures, bouchage de certaines baies et percement d'ouvertures).
À la veille de la Révolution, la communauté ne compte plus que de quatre religieux. Le 4 mai 1791, les bâtiments conventuels et le temporel, après avoir été séquestrés, sont vendus au titre des biens nationaux.