Sous l'Ancien Régime la paroisse de Flacy dépendait du diocèse de Sens et de la province d'Île-de-France. Elle était siège d'une prévôté seigneuriale ressortissant au bailliage de Villemaur. En 1790, érigée en commune, Flacy est rattachée au canton de Villeneuve-sur-Vanne, puis relève du district de Sens dès 1793. A partir de 1801, elle dépend du canton de Villeneuve-l'Archevêque et de l'arrondissement de Sens.

Archives déposées de la commune Flacy en application de l'article L 212-11 du Code du Patrimoine.