Sous l'Ancien Régime la paroisse de Neuilly dépendait du diocèse de Sens, de la province d'Île-de-France et du bailliage seigneurial de Joigny. Le fief relevait pour quatre cinquièmes de la terre de Villiers-sur-Tholon et pour un cinquième directement du comté de Joigny. En 1790, érigée en commune, Neuilly est rattachée au canton de Villemer, et au district de Joigny. A partir de 1801, elle dépend du canton d'Aillant et de l'arrondissement de Joigny, avant d'être rattachée à celui d'Auxerre en 1926.

Dépôts des 6 octobre 1978, 3 janvier 2008, 30 août 2010 et 6 juillet 2011.

Archives déposées de la commune de Neuilly en application de l'article L 212-11 du Code du Patrimoine.