Sous l'Ancien Régime la paroisse de Sainte-Vertu dépendait du diocèse de Langres, de la province d'Île-de-France et était siège d'une prévôté seigneuriale ressortissant au bailliage seigneurial de Tonnerre. En 1790, érigée en commune, Sainte-Vertu relève du canton d'Yrouerre et du district de Tonnerre. A partir de 1801, elle est rattachée au canton de Noyers et à l'arrondissement de Tonnerre ; depuis 1926, elle dépend de celui d'Avallon. Entre 1973 et 1978, la commune est associée, avec celle de Môlay, à la commune d'Annay-sur-Serein.

Dépôts des 30 septembre 1976 et 6 septembre 2011.

Archives déposées de la commune de Sainte-Vertu en application de l'article L 212-11 du Code du Patrimoine.