Sous l'Ancien Régime la paroisse de Bligny-en-Othe dépendait du diocèse de Sens, de la province d'Ile-de-France et du bailliage de Brienon. En 1790, érigée en commune, Bligny-en-Othe est rattachée au canton de Brienon, puis au district de Saint-Florentin en 1793 et à l'arrondissement de Joigny en 1801. Depuis 1926, la commune appartient à l'arrondissement d'Auxerre; elle est associée à la commune de Brienon-sur-Armançon par un arrêté préfectoral du 15 décembre 1972.