Sous l'Ancien Régime, la paroisse de Bussy-en-Othe dépendait du diocèse de Sens, de la province d'Île-de-France et du présidial de Montargis ; la seigneurie appartenait aux comtes de Joigny. La municipalité de Bussy-en-Othe fut créée en 1790 et rattachée au canton de Saint-Cydroine et au district de Joigny. En 1801, la commune ressort au canton de Brienon et à l'arrondissement de Joigny, jusqu'en1926. Bussy-en-Othe dépend, aujourd'hui, de l'arrondissement d'Auxerre.