Sous l'Ancien Régime, la paroisse de Chassignelles dépendait du diocèse de Langres, de la province d'Île-de-France et était siège d'une prévôté ressortissant au bailliage d'Ancy-le-Franc. En 1790, la commune dépendait du district d'Ancy-le-Franc; elle fit partie de l'arrondissement de Tonnerre en 1800 puis, de celui d'Avallon en 1927.