Sous l'Ancien Régime la paroisse de Chevillon dépendait du diocèse de Sens, de la province de l'Orléanais et du présidial de Montargis. En 1790, érigée en commune, Chevillon est rattachée au canton de Charny et au district de Saint-Fargeau. À partir de 1801, elle est rattachée à l'arrondissement de Joigny ; depuis 1926, elle dépend de celui d'Auxerre.