Sous l'Ancien Régime la paroisse de Fournaudin dépendait du diocèse de Sens, de la province d'Île-de-France et siège d'un bailliage ressortissant à celui de Vauluisant, puis à celui de Sens. En 1790, érigée en commune, Fournaudin est rattachée au canton de Cerisiers, puis relève du district de Saint-Florentin dès 1793. En 1801, elle est rattachée à l'arrondissement de Joigny et au canton de Brienon puis dès l'année suivante à celui de Cerisiers. Depuis 1926, elle dépend de l'arrondissement de Sens.