Sous l'Ancien Régime la paroisse de Neuilly dépendait du diocèse de Sens, de la province d'Île-de-France et du bailliage seigneurial de Joigny. Le fief relevait pour quatre cinquièmes de la terre de Villiers-sur-Tholon et pour un cinquième directement du comté de Joigny. En 1790, érigée en commune, Neuilly est rattachée au canton de Villemer, et au district de Joigny. A partir de 1801, elle dépend du canton d'Aillant et de l'arrondissement de Joigny, avant d'être rattachée à celui d'Auxerre en 1926.