Sous l'Ancien Régime la paroisse de Précy-le-Sec dépendait du diocèse d'Autun, de la province d'Île-de-France et de l'élection de Vézelay. En 1790, érigée en commune, Précy-le-Sec relève du canton de Joux-la-Ville et du district d'Avallon. À partir de 1801, elle est rattachée au canton de l'Isle-sur-Serein et à l'arrondissement d'Avallon. Depuis le 1erjanvier 2015, la commune appartient désormais au canton de Cœur de Puisaye.