Sous l'Ancien Régime, la paroisse de Senan dépendait du diocèse de Sens, de la province d'Île-de-France, de l'élection et du bailliage de Joigny ; elle était le siège d'une prévôté. Le fief de Senan relevait du comté de Joigny. En 1793, érigée en commune, Senan est rattachée au canton d'Aillant-sur-Tholon et au district de Joigny, puis, en 1801, à l'arrondissement de Joigny. Depuis 1927, toujours incluse dans le canton d'Aillant-sur-Tholon, la commune relève de l'arrondissement d'Auxerre.