Sous l'Ancien Régime la paroisse de Soumaintrain dépendait du diocèse de Sens, de la province d'Île-de-France ; elle était également siège d'une prévôté ressortissant au bailliage de Saint-Florentin. En 1790, érigée en commune, Soumaintrain est rattachée au canton de Neuvy-Sautour et au district de Saint-Florentin ; puis dépend du canton de Flogny-la-Chapelle et de l'arrondissement de Tonnerre en 1801. Depuis 1927, la commune appartient à l'arrondissement d'Avallon.