Sous l'Ancien Régime la paroisse de Villecien dépendait du diocèse de Sens, de la province d'Île-de-France et de l'élection de Joigny ; elle était siège d'une prévôté seigneuriale ressortissant au bailliage seigneurial de Joigny. En 1790, érigée en commune, Villecien relève du canton de Cézy et du district de Joigny. A partir de 1801, elle est rattachée au canton et à l'arrondissement de Joigny ; depuis 1926, elle dépend de l'arrondissement d'Auxerre.