Sous l'Ancien Régime la paroisse de Villemer dépendait du diocèse de Sens, de la province d'Île-de-France et de l'élection de Joigny. Sa justice était divisée entre trois seigneurs : l'abbé de Saint-Pierre-le-Vif de Sens, qui y avait une prévôté dite de Saint-Pierre, le chapitre et les religieux de Saint-Germain d'Auxerre, ces deux dernières ressortissant au bailliage d'Auxerre. En 1790, érigée en commune, Villemer devient chef-lieu de canton, relevant du district de Joigny. A partir de 1801, elle dépend du canton d'Aillant et de l'arrondissement de Joigny, avant d'être rattachée à celui d'Auxerre en 1926.
