Les fonds, qui remontent au IXe siècle, sont cependant assez pauvres en documents originaux antérieurs au XIIIe s., dont seuls les cartulaires ont conservé le texte.
Fondée au VIe siècle, l'abbaye Saint-Germain d'Auxerre est l'une des plus importantes du diocèse d'Auxerre.
Quantin (Maximilien), Inventaire sommaire des Archives du département de l'Yonne antérieures à 1790, tome III (Archives ecclésiastiques, série H), Auxerre, 1882-1888, p. 228-273.
Auxerre, bibliothèque municipale : Ms 161-168. Dijon, archives départementales de Côte d'Or : 2 bis H 1-2.