Principal établissement des hospitaliers situés dans l'actuel département de l'Yonne, sa fondation semble remonter à la seconde moitié du XIIe s. Avant d'entrer en possession des biens des templiers, Pontaubert fut le centre des possessions des hospitaliers et leur résidence principale. De la commanderie de Pontaubert dépendaient Le Saulce d'Island, le membre de Normiers et la terre de Brazey.
Molard (Francis), Schmidt (Charles), Drot (Eugène), Inventaire sommaire des archives du département de l'Yonne antérieures à 1790, tome IV (supplément de la série H, série H supplément), Auxerre, 1897, p. 9-24.