Fondé au XIIe s., successivement appelé Maison-Dieu, hôpital des Grandes-Charités et hôpital de la Madeleine, l'hôtel-Dieu d'Auxerre possédait un domaine urbain très étendu, dont les titres ont été conservés.
H 2352-2353 : archives placées sous séquestre révolutionnaire. H supplément 2408-2582 : archives déposées aux archives départementales en 1915.
H 2352-2353 : Molard (Francis), Schmidt (Charles), Drot (Eugène), Inventaire sommaire des archives du département de l'Yonne antérieures à 1790, Inventaire sommaire des archives départementales de l'Yonne antérieures à 1790, archives hospitalières, série H supplément, Auxerre, 1897, p. 60-62.
H supplément 2408-2582 : Drot (M.), Inventaire sommaire des archives de l'hôpital d'Auxerre antérieures à 1790 in Inventaire sommaire des archives départementales de l'Yonne antérieures à 1790, archives hospitalières, série H supplément, p. 89-191.