À partir de 1586, est établi un bâtiment spécial, installé le long de la rivière et réservé à l'accueil des pestiférés, appelé hôpital Saint-Roch et Saint-Sébastien ou des pestiférés d'Auxerre. Ses biens sont réunis à ceux de l'hôtel-Dieu d'Auxerre en 1625.
Archives réunies au fonds de l'hôtel-Dieu d'Auxerre et déposées aux archives départementales en
1915.
Drot (M.), Inventaire sommaire des archives départementales de l'Yonne antérieures à 1790, archives hospitalières, série H supplément, p. 194-195.