La date de fondation est inconnue. Après la seconde moitié du XVIe s., n'accueillant plus de malades, une partie de ses biens est utilisée pour l'entretien de ceux soignés à la maladrerie Sainte-Marguerite d'Auxerre. Ses biens sont réunis à ceux de l'hôtel-Dieu par un édit de 1693.
Archives réunies au fonds de l'hôtel-Dieu d'Auxerre et déposées aux archives départementales en 1915.
Drot (M.), Inventaire sommaire des archives de l'hôpital d'Auxerre antérieures à 1790, Inventaire sommaire des archives départementales de l'Yonne antérieures à 1790, archives hospitalières, série H supplément, p. 196.