La peste frappe régulièrement le royaume de France : l'épidémie de 1347 décime plus de 35 % de la population française et fait environ 25 millions de morts dans toute l'Europe.

Entre le XVe et le XVIIe s., les territoires de l'actuel département de l'Yonne sont fréquemment ravagés, sans qu'aucune statistique démographique n'ait pu être établie, en l'absence de sources documentaires fiables. Certains témoignages directs permettent cependant de saisir l'ampleur du mal : à Avallon en 1637, Philippe Louis, religieux, évalue les pertes humaines entre 800 ou 900 morts (sur une population totale et estimée à 3 000 habitants).

Devant ces situations, les autorités sont tout d'abord fatalistes : le discours religieux l'emporte et de grandes processions, des pénitences et des conversions collectives sont organisées. Dans l'église Notre-Dame de Tonnerre, l'ex-voto à saint Roch témoigne des actions expiatoires menées dans la ville lors de l'épidémie de 1632 qui fait plus de 3 000 morts.