Dès l’an IX avec le rétablissement du culte catholique et la nomination des évêques et des archevêques, les dispositions du concordat et des articles organiques prévoient également la remise par l’État de toutes les églises métropolitaines nécessaires à l'exercice du culte et attribuent une cathédrale et un palais épiscopal à chaque diocèse.
Le diocèse de Sens n'ayant été recréé qu'en 1823, le département de l’Yonne est rattaché jusqu'à cette date à celui de Troyes.
Dès 1823, le patrimoine du diocèse de Sens se compose d’une cathédrale (église de l'archevêque), d’un palais (logement de l’archevêque et de son administration) et de séminaires (établissements d'enseignement destinés à l’éducation des jeunes gens et à la formation des futurs ecclésiastiques).
Les édifices diocésains étant devenus propriété de l'État depuis l'époque révolutionnaire, leur administration incombe à l'échelon central au ministère en charge des cultes. Au niveau local, les préfets jouent un rôle important en répartissant les crédits qui leur sont alloués pour l'entretien des bâtiments et les gros travaux, et en assurant un suivi attentif de l'avancée des travaux après en avoir autorisé l'exécution (sous réserve de l'accord de l'administration centrale pour les interventions les plus conséquentes). Ainsi, l'archevêque, qui n'est qu'affectataire des biens, doit impérativement prévenir le préfet en cas de travaux d'entretien et lui fournir des documents préparatoires, comme en témoignent les nombreux devis estimatifs des dépenses à effectuer que l'on retrouve parmi les dossiers de cette sous-série.
La préfecture fait également réaliser des enquêtes sur l'état matériel et l'affectation des édifices mis à disposition du diocèse. Un architecte diocésain, nommé par le ministère des Cultes, après avis du préfet et de l'archevêque, est ainsi chargé de la surveillance des travaux menés sur ces édifices.
Annuellement après établissement, par l’architecte diocésain, d’une liste des travaux d’entretien et de grosses réparations à exécuter, le préfet, sur avis de l’archevêque, transmet ses propositions au ministère pour obtenir l'autorisation finale.
Comme les édifices, le mobilier présent dans les édifices diocésains est la propriété de l’État. Bien que la gestion quotidienne de ces biens affectés au culte revienne à l'archevêque, le préfet a toutefois l’obligation d’en faire annuellement l’inventaire. Cette même obligation est à sa charge en cas de changement ou de décès du prélat.
Les séminaires font également partie des édifices diocésains. Établi pour la formation des futurs prêtres, le grand séminaire de Sens n'est ici abordé que sous l'angle des bâtiments, qu'il s'agisse de leur acquisition ou de leur entretien. Un petit séminaire, assurant une formation de niveau inférieur destinée, entre autres, aux futurs élèves du grand séminaire de Sens, est installé à Auxerre, puis sera transféré à Joigny en 1882.