Sous l'Ancien Régime, la paroisse de Bierry-les-Belles-Fontaines dépendait du diocèse de Langres, de la province de Bourgogne et du bailliage d’Avallon. À partir de 1738, la terre est érigée en baronnie pour Monsieur d’Anstrude et en prend le nom.
En 1790, l’ancienne paroisse d’Anstrude est érigée en commune sous le toponyme de Bierry-les-Belles-Fontaines ; elle est rattachée au district d’Avallon et au canton de Mont-Serein. La commune conserve le nom de Bierry-les-Belles-Fontaines jusqu'au mois de nivôse de l'an X, puis reprend celui d'Anstrude jusqu'en octobre 1848, et encore entre mai 1851 et 1882. À partir de cette année, le nom de Bierry-les-Belles-Fontaines est définitivement retenu.
À partir de 1801, la commune dépend de l'arrondissement d’Avallon et du canton de Guillon. Depuis 2015, elle est rattachée au canton de Chablis.
