Communauté de moniales fondée en 1184 par Guillaume Ier, seigneur de Lézinnes, sur la rive gauche de l'Armançon, elle s'affilie à l'ordre cistercien en 1237 (branche de Clairvaux), à la demande de l'évêque de Langres, Robert de Torote.
Grâce aux nombreuses donations de la noblesse locale, dont celles de Guillaume de Lézinnes, Bernard de Montbard, seigneur d'Époisses, du lignage de Villehardouin et des comtesses de Tonnerre (Mathilde et Marguerite), l'abbaye dispose d'un temporel s'étendant vers Noyers à l'ouest et La Vevres au sud.
En 1432, pour des raisons indéterminées, l'abbé de Clairvaux demande au Chapitre général la transformation de l'abbaye en monastère d'hommes.
Les guerres de religion marquent un coup d'arrêt à la vitalité de l'établissement qui avait passé la guerre de Cent-Ans sans encombres ; en 1568, l'abbaye est pillée et incendiée.
L'abbaye est séquestrée en 1790, ses biens vendus l'année suivante. Au cours du XIXe siècle, les bâtiments sont détruits et leurs pierres sont remployées dans de nombreuses constructions alentour seul subsistent aujourd'hui un cellier souterrain et un pigeonnier.