Sous l'Ancien Régime la paroisse de Saint-Martin-sur-Ocre dépendait du diocèse de Sens et de la province d'Île-de-France. Le fief de Guerchy relevait du comté de Joigny. En 1793, érigée en commune, Saint-Martin-sur-Ocre est rattachée au canton de Villiers-saint-Benoît et au district de Joigny ; elle dépend du canton d'Aillant-sur-Tholon et de l'arrondissement de Joigny en 1801. Depuis 1927, la commune, relèvant toujours du canton d'Aillant-sur-Tholon, appartient à l'arrondissement d'Auxerre.