L'évolution des pratiques et des méthodes de soin s'exprime à travers les lieux où elles s'exercent.

Les soins à domicile, bien que plus nombreux, sont les moins documentés, car ils demeurent dans la sphère privée, au contraire du séjour hospitalier qui laisse des traces administratives, comptables et médicales dans les archives publiques.

Fruit des donations expiatoires des fidèles au Moyen Âge et sous l'Ancien Régime, l'hôpital est d'abord un lieu de charité chrétienne avant de devenir un véritable centre actif de diagnostic et de traitement, lieu incontournable d'enseignement de la médecine et de soin des malades. En 1784, le nombre d'établissements charitables dans le royaume de France avoisine 2 500 et accueille une population d'environ 105 000 personnes, dont 40 000 vieillards et infirmes, 40 000 enfants trouvés et 25 000 malades.

À la même époque, dans les territoires qui forment l'actuel département de l'Yonne, ces établissements sont au nombre de 70 dont 33 hôtels-Dieu ou hôpitaux, 32 léproseries ou maladreries (chargées à l'époque médiévale de l'accueil des contagieux et reconverties en unités agricoles, elles n'accueillent alors aucun malade), 2 hôpitaux généraux implantés à Auxerre (1695) et Sens (1713), lieux d'enfermement des indigents et qui ne prodiguent aucun soin ni hospitalité, et 3 orphelinats.

Les principales villes du département disposent d'au moins un établissement charitable, mais certaines régions, moins peuplées (forêt d'Othe, Gâtinais), en sont dépourvues. Ces disparités géographiques résultent des choix opérés par les fondateurs et ne relèvent d'aucune logique de maillage territorial raisonné.