L'aspect médical du soin est absent des rapports d'activités du médecin-chef-directeur et du règlement de l'établissement. Seuls les dossiers médicaux des patients qui renferment les bilans de santé, les prescriptions et les certificats médicaux donnent des informations sur la thérapeutique employée.

Bien que peu développé au cours du XIXe s. et du début du XXe s., l'arsenal pharmaceutique comporte des calmants, des purgatifs et des excitants, essentiellement hérités des théories galéniques et hippocratiques. L'hydrothérapie occupe là aussi une place importante dans le traitement de la pathologie mentale ; en 1851, Girard affirme son utilité en sollicitant un nouvel emprunt pour la construction d'un bâtiment dédié aux bains.

Si leur effet bénéfique sur la pathologie mentale n'est pas connu, ils contribuent, dans le cas des bains surprises qui terrorisent les malades, à la répression des comportements déviants.