Si la méthode antiseptique constitue un progrès considérable, elle ne répond pas totalement à la question des risques infectieux opératoires : les germes se trouvent également dans le matériel opératoire utilisé (bloc, vêtements, instruments).

La première salle d'opération aseptisée voit le jour en 1888 à Lyon. En 1897, l'hôpital de Joigny, sous l'impulsion de son chirurgien, Paul Longbois, compte parmi les premiers hôpitaux français à s'en équiper. Dotée de parois peintes et laquées pour en faciliter le lavage quotidien à grande eau additionnée d'antiseptique, elle est annexée d'étuves de stérilisation à haute température (entre 130° et 150° C) des instruments et des vêtements, et de lavabos à eau stérile pour le lavage des mains. Les autres hôpitaux du département de l'Yonne profitent de travaux de réaménagement pour se doter de blocs aseptisés avant 1925.