Dans l'esprit des soignants du XVIe s., encore pénétré des théories galéniques et hippocratiques, le médicament est utilisé dans le soulagement de la douleur, mais aussi pour évacuer les humeurs en excès ou renforcer celles qui font défaut.

L'inventaire de la boutique d'Étienne Bouvyer, marchand apothicaire à Sens, décrit l'arsenal thérapeutique en 1601 : les plantes en constituent la base, auxquels s'ajoutent quelques produits d'origine animale et minérale, ainsi que de rares remèdes chimiques.

Les actions de ces substances, dont le nombre est peu important (environ 250), sont multiples : purgatives, diurétiques, vomitives, analgésiques ou sédatives.

Leurs principales propriétés sont cependant déjà identifiées : incidence entre la dose et les effets obtenus, ambiguïté de l'effet de la substance (à la fois poison et antidote), interaction entre plusieurs substances administrées simultanément.