L'abbaye de Pontigny connaît son premier désaccord d'importance quelques années après sa fondation, quand elle s'oppose aux moines de Saint-Germain d'Auxerre au sujet du moulin Paillard, situé en limite de leurs territoires. Le conflit est réglé par un accord scellé des deux parties en 1133 : les deux monastères se partagent à part égale les revenus et les frais de l'exploitation. Entre 1145 et 1185, les moines de Pontigny passent d'autres accords avec les abbayes de Reigny, de Dilo et de Vauluisant, relatifs aux usages forestiers et au pacage des animaux.