Sous l'Ancien Régime la paroisse de Sainte-Pallaye dépendait du diocèse d'Auxerre et de la province de Bourgogne. Elle ressortissait au bailliage d'Auxerre, par appel de son bailliage particulier. En 1790, érigée en commune, Sainte-Pallaye est rattachée au canton de Cravant, et du district d'Auxerre. A partir de 1801, elle dépend du canton de Vermenton et de l'arrondissement d'Auxerre.