Après leur versement aux archives départementales, les documents sont contrôlés, leur conditionnement examiné et, au besoin, remplacé ; on leur attribue une cote, identifiant alphanumérique unique dans le dépôt (aux archives départementales de l'Yonne 3 E – sous-série du cadre de classement qui correspond aux archives des notaires – suivi d'un numéro de versement, puis d'un numéro d'article). Ils sont ensuite rangés dans les dépôts et localisés informatiquement.