L'hôpital général d'Auxerre fonctionne jusqu'en 1799, date à laquelle ses ressources financières ne lui permettent plus de subvenir à ses dépenses.

En 1810, devant un nombre croissant de mendiants, la décision est prise de doter le département de l'Yonne d'un dépôt de mendicité et de l'installer dans les anciens bâtiments de l'hôpital général à Auxerre. Si le nom change, la réalité demeure identique : la réclusion.

À partir de 1823, le Département transforme le dépôt en une maison de secours pour les insensés et les épileptiques, en capacité d'accueillir environ 100 individus, tant hommes que femmes, atteints de troubles mentaux, mais également de cécité, de surdi-mutité et d'idiotisme. Si les conditions de vie sont proches de l'enfermement, les premiers médecins y font toutefois leur apparition : il n'est pas encore question de soigner, mais au moins de surveiller.