Dès le début du XIXe s., la stabilité des malades et l'étude de la maladie mentale passent par un regroupement des aliénés.

Contrairement à la situation antérieure, la promiscuité sexuelle est abolie : hommes et femmes disposent de quartiers séparés. À l'intérieur de chaque quartier, les malades sont classés en fonction de leur comportement en 4 catégories : idiots, gâteux, et déments ; épileptiques maniaques ; maniaques agités ; maniaques paisibles et convalescents.

À Auxerre, le classement est facilité par la destruction méthodique et régulière des anciens bâtiments de la maison de secours : la construction du premier bâtiment du quartier des femmes débute en 1842. En 1850, la construction du second bâtiment débute et l'emprunt pour celle du quartier des hommes est accordé.