Devant l'accroissement régulier du nombre de malades durant la seconde moitié du XVIIIe s., de nombreux administrateurs d'hôtels-Dieu dénoncent les conditions précaires de leur accueil. Par manque d'espace, les contagieux de l'hôtel-Dieu de Sens sont mêlés aux blessés : la mixité contrainte y est de rigueur et l'humidité ambiante régnant dans les bâtiments entraîne le pourrissement des drogues.

À Auxerre, entre 1752 et 1774, l'hôpital de la Madeleine dispose d'un nombre de lits variant de 54 à 61, mais accueille quotidiennement entre 80 et 100 personnes (de 452 à 1 000 entrées par an). Il est donc fréquent que plusieurs malades dorment dans le même lit : cette situation augmente l'insalubrité générale, mais également les risques de contagion.