Dès la fin du XVIIIe s., les théoriciens observent que le développement des fièvres hospitalières (puerpérales, putrides, etc.) est favorisé par la promiscuité entre les malades. Au début du XIXe s., une réflexion est engagée autour du nombre idéal de malades par salle, qui est fixé à une trentaine. L'espace entre les lits fait également débat : en 1855, il est préconisé à 1,5 mètres. Bien que la densité et la disposition des lits conditionnent en grande partie la salubrité des salles, dans les faits, de grandes variations sont constatées d'un établissement à l'autre.

Au milieu du XIXe s., dans l'Yonne, à la faveur de donations et d'importants travaux d'aménagement, les vastes salles uniques sont progressivement abandonnées : en 1859, Avallon dispose de quatre salles (1 pour 20 hommes, 1 pour 25 femmes, et 2 pour 27 vieillards) ; en 1862, Auxerre en compte dix (3 pour 50 hommes, 2 pour 43 femmes, 2 pour 19 vieillards, 1 pour 13 vénériens et 3 pour 80 militaires).