Les plantes médicinales, ou simples, sont d'origine locale, mais peuvent être plus exotiques (Moyen-Orient, Asie, Amérique du Sud). Des médicaments composés sont également utilisés : thériaque (mélange de vin, de miel, de chair de vipère et d'extrait d'opium) et orviétan (voisin de la thériaque).

À partir du XVIIe s., l'arsenal thérapeutique s'enrichit de deux nouvelles plantes importées d'Amérique du Sud, le quinquina (décoction d'écorces d'arbres d'Équateur rapportée en Europe vers 1632, très utilisée par les Indiens contre les fièvres intermittentes ; son coût est très élevé : 9 livres tournois pour 489 g) et l'ipécacuanha (racine ramenée du Brésil en 1686, utilisée comme vomitif et dans la guérison de la dysenterie).

Cependant, d'abord mal utilisées dans leur préparation et leur posologie, ces deux substances n'affirment leur pleine efficacité qu'au XIXe s. au moment où leurs principes actifs sont isolés (quinine 1820 ; émétine 1817).