Comtes et évêques imitent les papes, en réunissant sous leurs auspices les parties intéressées pour entendre les arguments. Si les documents ne témoignent qu'exceptionnellement de ces discussions bilatérales, plusieurs chartes comtales reprennent leurs conclusions. L'action des comtes de Champagne en faveur de l'abbaye se limite à ce rôle ; les comtes de Nevers sont plus présents dans les premiers temps de Pontigny (octrois d'exemption), mais rapidement leur intervention devient essentiellement judiciaire.

L'usage des bois de la forêt d'Othe et de ses ressources naturelles est la cause de nombreux conflits entre les moines de Vauluisant ou de Pontigny et les communautés d'habitants voisines. Au début du XIIIe siècle, la communauté de Pontigny s'oppose à des seigneurs locaux (Érard de Brienne, Gaucher de Joigny et sa femme) et aux habitants de Séant au sujet de l'usage de différents bois. Plusieurs princes territoriaux, dont la comtesse de Champagne Blanche, interviennent en faveur d'un accord amiable, conclu en 1211.