Bien que revêtu du titre d'hôpital général, l'établissement n'a aucune vocation thérapeutique : il est un lieu de réclusion dont le seul but est de contribuer à l'extinction de la mendicité.

Parmi les reclus figurent principalement des mendiants, mais aussi des infirmes, des aveugles, des galeux, des enfants abandonnés, etc. Des insensés et des épileptiques, dont l'état physique et psychique ne leur permet pas de subvenir à leurs besoins, y sont également enfermés, bien qu'en nombre assez restreint (environ 5 %).

L'hôpital général d'Auxerre est d'abord installé dans le quartier Saint-Pierre ; ses bâtiments devenus exigus sont transférés le long de la route de Paris en 1684. L'oisiveté n'y est pas de rigueur : une filature de coton à l'anglaise, puis une manufacture de bas de soie et de bonnets de coton y sont installées dès la fin du XVIIe s. ; elles occupent entre 120 et 150 travailleurs.